赵巷镇位于太湖流域下游，黄浦江上游，青浦区的东部。北纬31°09'，东径120°01'。东与徐泾镇相依，南与松江区的泗泾镇、佘山镇交界，西与夏阳街道、青东农场毗邻，北与香花桥街道、重固镇、华新镇接壤。全境面积约42平方公里。镇政府驻地在赵巷镇南，距青浦城区约八公里。沪青平公路横穿全境，把全镇疆土分为两半。新通波塘、通波塘、崧泽塘三条大河纵贯南北，淀浦河横亘东西。
赵巷镇地势东高西低，地面标高平均在3.2米左右，最高点是方夏村，为4.2米，最低点是金汇村，为2.3米，原有耕地44588亩，人均（农业人口）占有耕地1.85亩，是一个以种植粮、棉、油为主的江南水乡。